La AEEA está gobernada por un Comité Ejecutivo compuesto de un Presidente, un Secretario General, un Tesorero y seis vocales que se eligen por un periodo de cuatro años, convocándose y celebrándose elecciones al Comité siempre al final (o en diciembre) de los años olímpicos, tomándose posesión al principio de los años post-olímpicos.

Comité Ejecutivo de la AEEA (2005-2009). De izquierda a derecha: José Antonio Punzón, Francisco Ascorbe, José María García, Miguel Villaseñor, Ignacio Mansilla, Manuel Villuendas, José Javier Etayo, Enrique Tre, Carlos Fernández y Félix Capilla.